У Ташкенті інститут розмістився на базі Середньоазіатського індустріального інституту (САІІ) і спершу існував як самостійний вуз. У його складі функціонували 4 факультети і 12 кафедр, на яких навчалася 31 група студентів другого — п'ятого курсів. Планувалось розпочати навчання з вересня і проводити заняття переважно у вечірні години, частину кафедр і студентів передати до складу САII.
Проте в серпні 1941 р. було прийнято рішення про об'єднання Київського і Середньоазіатського індустріальних інститутів. На базі Київського індустріального інституту у складі САII було утворено два нових факультети (механічний і спеціальний), розширено енергетичний і хіміко-технологічний, розпочалось додатково навчання за 10 спеціальностями. До складу САІІ увійшли 10 професорів, 31 доцент, 18 асистентів, 10 аспірантів, 515 студентів [5, с. 3]. Це об'єднання сприяло підготовці інженерних кадрів з багатьох спеціальностей.
На енергетичному факультеті підготовку фахівців з теплосилового і котельного обладнань, промислового використання теплової енергії здійснювали кафедри, які очолили доценти Б.П. Таранов і В.І. Толубинський. На хіміко-технологічному факультеті фахівців з технології електрохімічних виробництв і органічних барвників, технологічного обладнання целюлозно-паперового виробництва готували кафедри, якими керували проф. В.Ф. Бобров, доценти С.Г. Рикліс і І.Б. Бармашенко (останній невдовзі став деканом факультету). Створений у складі САІІ механічний факультет готував фахівців з технології машинобудування та інструментальної справи, ливарного виробництва та хімічного машинобудування. Факультет очолював В.Я. Бершов, а спеціальними кафедрами керували професори С.С. Рудник і Є.М. Хаймович, доценти П.Г. Березін, С.І. Циткін. Новий спеціальний факультет, який очолив проф. С.І. Тетельбаум, розпочав підготовку фахівців з військової радіотехніки.
Працювати у Ташкенті за умов воєнного часу колективу інституту було нелегко, оскільки навчальний процес доводилось поєднувати з виконанням невідкладних господарських робіт на заводах, будовах, полях Узбекистану.
Київському колективу викладачів довелося зіткнутися з серйозними прогалинами в організації навчального процесу в САІІ. Труднощі воєнного часу ускладнювали становище. Багато студентів не виконували навчальних планів. 1942/43 н. р. план випуску фахівців було виконано лише на 69 %. З великими труднощами здійснювався розподіл фахівців, тільки трохи більше третини випускників було направлено 1943 р. на заплановані місця роботи. Після заміни керівництва інституту підвищилися вимоги до виконання навчальних планів, що дало позитивні результати. 1943/44 н. р. число студентів, які повністю склали зимову сесію, збільшилося проти попереднього року з 44 до 70 %, а виконання плану випуску фахівців досягло 89 % [6, с. 39]. Колектив киян зробив посильний внесок у підготовку інженерів для народного господарства і оборони країни. Протягом 1942—1944 рр. їх було підготовлено понад 120 чоловік [7, с. 1].
У Ташкенті київські викладачі й аспіранти продовжували активну науково-дослідну роботу. Тут підготували й успішно захистили докторські дисертації доценти К.І. Ващенко, І.І. Гребень, В.Я. Бершов, В.А. Зморович, проф. О.С. Смогоржевський, кандидатські дисертації — викладачі В.Г. Баранов, О.О. Лабутін, М.В. Лауфер, В.Я. Сморгонський, В.В. Смислов. Закінчили аспірантуру, підготували і захистили кандидатські дисертації з проблем технології машинобудування і ливарної справи С.П. Вишнепольський і М.М. Турбовський [7, с. 11].
Київські вчені та інженери виконали у Ташкенті багато важливих науково-технічних робіт для народного господарства і оборони країни, зробили значний внесок у розвиток економіки Узбекистану та інших середньоазіатських республік, тим самим зміцнивши технічний і економічний потенціал усієї країни.
Під керівництвом проф. В.Є. Васильєва в САІІ було створено громадське бюро з проектування першого металургійного заводу в Узбекистані. Активну участь у проектуванні і будівництві заводу взяли викладачі М.О. Кичигін, Є.М. Хаймович, В.Я. Бершов, К.І. Ващенко, М.Ф. Савін, В.І. Толубинський та інші співробітники механічного та енергетичного факультетів. Першу чергу заводу було пущено у дію вже 1944 р. Узбекистан одержав власну металургійну базу.
Для потреб машинобудування доктор технічних наук К. І. Ващенко розробив і впровадив у виробництво методи підвищення якості чавуну з використанням недефіцитних матеріалів. Питаннями вдосконалення технології лиття займався канд. техн. наук П. Г. Березін. Він розробив і впровадив на оборонних заводах Узбекистану нову технологію для підвищення продуктивності ливарних цехів. Проф. С.С. Рудник керував на підприємствах республіки роботами по вдосконаленню технології різання металів. Проф. Є.М. Хаймович завершив у Ташкенті ґрунтовну працю з гідравлічних приводів металорізальних верстатів, разом з доц. М.Ф. Савіним він виконав низку завдань з технології виробництва оборонної продукції, проф. І.Д. Файнерман займався питаннями автоматизації контролю у машинобудуванні. Складні завдання оборонного характеру виконали доц. І.К. Марциневський та інженер А.Ю. Голян-Нікольський. На енергетичному факультеті проф. А.В. Орловський і доц. О.Є. Ходоров розробили проект ГЕС для Уч-Курганського району Узбекистану. Разом з проф. І.І. Гребенем вони провели передпускові випробування електрообладнання Ак-Тепенської ГЕС. Під керівництвом проф. М.М. Васильєва було обстежено електричні господарства великих підприємств Узбекистану, виконано роботи щодо збільшення потужності електродвигунів. Професори І.І. Гребень, П.В. Окулов, доценти А.Б. Будницький, Є.П. Гізіла надали науково-технічну допомогу багатьом підприємствам у галузі економії електроенергії.
Проф. М.О. Кичигін і доц. В.І. Толубинський займались питаннями реконструкції теплосилового господарства електростанцій Узбекистану, підвищення безаварійності і економічності роботи Чирчикської і Кувасайської ГЕС, Ферганської ТЕЦ. Під керівництвом професорів М.О. Кичигіна, А.В. Орловського було розроблено нові типи парових турбін середньої й малої потужності для відновлення роботи енергетичних об'єктів. Доценти Б.П. Таранов, М.А. Барановський, С.Ю. Келлер та інженер А.Д. Беркута надали технічну допомогу підприємствам Узбекистану в проектуванні й монтажі теплових агрегатів.
На хіміко-технологічному факультеті доценти І. Б. Бармашенко і О. І. Астахов створили технологію заміни імпортного каучуку місцевою сировиною, виконали завдання наркоматів щодо впровадження технології антикорозійних покрить. Доц. С. Г. Рикліс організував виробництво дефіцитних органічних барвників, а доц. О.С. Плигунов — виробництво соди з місцевої сировини. Разом з доц. П. О. Епіком вони надавали технічну допомогу підприємствам хімічної промисловості. Доц. Ю.І. Ющенко розробив спосіб отримання малов'язкого лакового покриття для виробів оборонного призначення, а аспірантка С.Б. Кузякіна одержала новий вид в'язкої речовини з місцевої сировини. Інженер М.М. Троян дослідила метод отримання добрив із фосфоритів Кара-Тау.
Колектив науковців, очолюваний проф. Ф.Ф. Бобровим, сприяв спорудженню нового целюлозного цеху на паперовій фабриці в Ташкенті, доц. І.Л. Гурович дослідив вогнетривкі глини Ангренського родовища і розробив проектне завдання щодо створення першого в Узбекистані механізованого склозаводу.
Викладачі і наукові співробітники спеціального факультету під керівництвом проф. С.І. Тетельбаума за дорученням Наркомату оборони СРСР у 1942—1943 рр. розробили новий зразок радіотехнічного озброєння, який дістав високу оцінку військових фахівців. З 1943 р. завдання оборони виконували доценти Н.П. Воллернер, В.А. Зморович, М.В. Лауфер, інженери Ю.Г. Лоєв, А.Т. Юра та ін. [1, с. 2].
Багато науково-технічних робіт, виконаних київськими науковцями та інженерами в Ташкенті, було відзначено урядовими нагородами, 16 працівників інституту нагороджено орденами, 15 — грамотами Президії Верховної Ради Узбекської РСР {8, с. 6]. У зв'язку з нестачею фахівців на підприємствах Ташкента деякі викладачі й співробітники вузу поєднували роботу в інституті і на виробництві. Це, зокрема, доценти М.П. Бондар, І.В. Грінберг, М.Ф. Савін, 3.Д. Христич. Студенти інституту брали активну участь у народногосподарських роботах. Восени 1941 р. вони під керівництвом технічних фахівців здійснили монтаж обладнання евакуйованих до Ташкента підприємств, під час бавовняних жнив працювали на полях, споруджували Північно-Ташкентський зрошувальний канал, Саларську та Ак-Тепенську ГЕС [7, с. 10]. Як бачимо, у тяжких воєнних умовах евакуйований колектив інституту самовіддано готував інженерні кадри, надавав патріотичну допомогу фронту і тилу.