У червні 1898 р. було оголошено перший прийом заяв до інституту. Відповідно до Статуту, до вступних іспитів допускалися всі бажаючі, які мали атестат про закінчення гімназії, реального училища або інших середніх навчальних закладів, що прирівнювалися до гімназії. Поза конкурсом зараховувалися абітурієнти, які вже закінчили інші вузи. На 330 місць було подано 1100 заяв. Конкурсні випробування з математики, фізики і російської мови успішно витримали значно більше абітурієнтів, ніж передбачалося студентських місць. За клопотанням ради інституту Міністерство фінансів дозволило прийняти 30 чоловік понад норму. Отже, в першому наборі налічувалося 360 чоловік, у тому числі на механічне відділення — 109, інженерне — 101, агрономічне — 87, хімічне — 63 [25, с. 2].
Незважаючи на те, що інститут був розрахований на 1200 студентів, їхня чисельність швидко зростала. Вже 1902 р. тут навчалося 1255, 1909 р.— 2396 чоловік. Слід зауважити, що приблизно стільки ж студентів залишилося до початку першої світової війни. Однак у зв'язку з мобілізацією студентів молодших курсів в армію і залученням старшокурсників до роботи на воєнних підприємствах загальне число студентів інституту 1916 р. скоротилося до 1137 [26, с. 56].
Термін навчання в інституті складав чотири роки (вісім семестрів). Система навчання курсова. Як відомо, усі втузи мали п'ятирічний термін навчання. Передбачалося, що скорочення часу навчання на один рік не зашкодить якості курсу, а досягатиметься шляхом підвищення інтенсивності викладання, скорочення канікул і екзаменаційного періоду. При цьому промисловість швидше матиме фахівців, а молоді люди на рік раніше вступатимуть у самостійне життя [2, с. 409].
Відповідно до навчального плану предмети розподілялися по курсах так, що фундаментальні науки, необхідні для належного засвоєння спеціальних, вивчались раніше від останніх. Загальна кількість теоретичних лекцій не перевищувала 16 год на тиждень, а лекцій і практичних занять — 6—7 год на день. При цьому враховувалоеь, що студенти щоденно 3—4 год використовували для самостійної роботи (виходячи з максимальної норми роботи 10 год на день).
За навчальним планом, наприклад, на хімічному відділенні планувалося протягом першого року прослухати курс і скласти іспити з математики, теоретичної механіки, нарисної геометрії, неорганічної хімії, фізики, кристалографії, будівельного мистецтва, богослов'я, виконати практичні заняття з технічного креслення, загальної хімії, якісного аналізу. Другий рік навчання передбачав вивчення курсу і складання іспитів з ботаніки, фізики, мінералогії, опору матеріалів, органічної хімії, загальної металургії, загальної мінеральної технології, загальної будівельної технології, прикладної механіки, виконання практичних занять з якісного і кількісного аналізу, фізики, архітектурного креслення, мінералогії, графостатики.
За третій рік треба було прослухати курс і скласти іспити з термодинаміки, фізико-хімії, парових котлів, загальної органічної технології, електротехніки, заводської механіки, політекономії, виконати практичні заняття з органічної хімії, фізико-хімії, архітектурного проектування, ботаніки чи опору матеріалів, контролю виробництва, електротехніки.
За четвертий рік навчання прослуховувався матеріал і складалися іспити із спеціального курсу. Обов'язковими були практика на заводі і підготовка звіту про неї, дипломна робота, спеціальний проект заводу, проект парового котла, захист цього проекту.
Деякі курси лекцій слухали одночасно студенти двох і більше відділень, наприклад, студенти всіх чотирьох відділень слухали разом богослов'я, фізику, загальну хімію, політичну економію; студенти механічного, інженерного і хімічного відділень слухали разом лекції з теоретичної механіки, будівельного мистецтва, прикладної механіки, термодинаміки і термічних машин, гідравліки і гідравлічних двигунів, опалення і вентиляції, каналізації, будівельної механіки тощо.
Як бачимо, навчальні плани інституту, крім спеціальних дисциплін, передбачали значну кількість годин для загальноінженерних предметів — математики, фізики, хімії, механіки тощо. З усіх дисциплін поряд з лекційним багато часу відводилося практичним заняттям для того, щоб студенти одержували не лише достатню теоретичну підготовку, а й тверді та глибокі практичні знання і вміння застосовувати їх на виробництві.
На хімічному відділенні, наприклад, практичні заняття становили 57,5 % усього навчального часу, тоді як у Петербурзькому технологічному інституті лише 39, 4 %. Водночас така кількість годин була менша, ніж у західноєвропейських політехнікумах, зокрема у відомому Цюрихському політехнікумі, де на практичні заняття відводилося 67,3 % усіх навчальних годин [2, с. 69]. Таке співвідношення лекційних і практичних занять забезпечило підготовку фахівців для тогочасних підприємств.
Викладання спеціальних дисциплін супроводжувалося вправами, складанням проектів і практичними заняттями у навчально-допоміжних лабораторіях і майстернях. Крім цього, влітку для студентів усіх відділень запроваджувалися практичні заняття із зйомки, нівелювання місцевості; практика проходила на фабриках, заводах, будівництвах, залізницях, студенти агрономічного відділення працювали на дослідному полі, агродослідній станції, в агрономічній лабораторії.
Наприкінці кожного півріччя проводилась екзаменаційна сесія; студенти, які успішно склали іспити, допускалися до навчання в наступному семестрі. Але внаслідок різних обставин інститут упродовж перших шести років фактично перейшов на предметну систему навчання, згідно з якою студент, прослухавши той чи той курс, складав іспити, не чекаючи загальної екзаменаційної сесії.
До руйнації курсової системи призвели, по-перше, масштабні студентські заворушення, страйки студентів і, як наслідок, тимчасове закриття інституту урядом, що скоротило певну кількість навчального часу, подовжило термін проходження лекційних курсів і практичних занять, по-друге, матеріальна неспроможність студентів, що спонукало їх витрачати значну частину свого часу на заробітки. За таких умов курсова система була надто тяжкою для студентів.
Через те, що Статут інституту надавав значні права студентам при переводі на старші курси (порядок складання іспитів попредметно і час їх проведення вони визначали самі), а професорам — право приймати іспити одразу після завершення читання курсу, а також звільняти студентів від екзаменів за результатами колоквіумів та практичних занять, склалася така практика, що студенти переводилися на старший курс навіть серед навчального року.
Разом з тим предметна система дещо дезорганізовувала навчальний процес, виникали труднощі у його плануванні. У зв'язку з цим рада інституту розробила «Правила про проходження курсу наук при предметній системі викладання і про порядок проведення іспитів при ній», що були затверджені міністром фінансів і запроваджені з 1906/07 навчального року [2, с. 74]. Таким чином, предметну систему навчання було узаконено.
Пізніше неодноразово робилися спроби повернутися до курсової системи, щоб упорядкувати терміни навчання. Так, 1911 р. на інженерному відділенні було створено спеціальну комісію для підготовки нових правил, але її робота виявилася марною.