Дзвіниця Михайлівського монастиря збудована в 1716-1719 роках на місці розібраної дерев’яної дзвіниці, в стилі українського бароко, під час ігуменства Варлаама Ленецького. Дзвіниця мала 3 яруси і 23 дзвони.
У роки радянської влади, у зв’язку із будівництвом нового урядового центру в 1934-1936 роках дзвіницю, разом з архієрейським будинком, мурами та господарськими будівлями, розібрали. А через рік висадили у повітря головний храм колишнього монастиря - Михайлівський Золотоверхий собор.
Нове життя дзвіниця отримала під час відновлення собору та інших монастирських будівель, які тривали 1997-1998 роках. Дзвіницю відбудували за фотографіями та обмірами, зробленими перед руйнацією. Нововведеннями стали облаштування на другому ярусі новго храму на честь Трьох святителів (освячений 1999 року в пам’ять зруйнованої церкви Трьох святителів, на місці якої стоїть будівля МЗС України, та всіх жерт радянських репресій). Також на першому ярусі дзвіниці та у сусідньому Варваринському корпусі розташувався музей історії монастиря та його архітектурного ансамблю. Також дзвіниця отримала новий годинник і карильйон (яким можна виконувати на дзвонах практично будь-який музичний твір), тепер дзвони сповіщають киян і гостей кожні п’ятнадцять хвилин, а о півдні - грають велику мелодію. Поновлено розписи на стінах муру, що ззовні примикають до дзвіниці (що правда у сучасному стилі).
На історичній Михайлівській дзвіниці, знищеній у 1930-і роки, ніколи не було циферблатів зі стрілками. Тут було встановлено куранти, як у Лаврі. Чомусь вони часто ламалися. І вже в «Описі Києва» М.Закревського (1868 рік) відзначено, що цей годинник «зіпсувався й пішов у забуття». Під час відтворення дзвіниці, у березні 1998 року, було вирішено не тільки відродити годинник, але й обладнати його циферблатом.