Микола Юлійович Вагнер народився 11 (24) січня 1893 р. у С.-Петербурзі, в сім’ї відомого зоолога Ю.М.Вагнера. 1898 року, після переїзду до Києва Ю.М.Вагнер почав працювати у Київському політехнічному. А Микола Вагнер восени 1912 р. став студентом сільськогосподарського відділення КПІ.