Третій етап Болонського процесу відбувся в Берліні 18–19 вересня 2003 року, де було підписано відповідне комюніке. Принципово нове рішення Берлінського саміту – поширення загальноєвропейських вимог і стандартів уже й на докторські ступені. Установлено, що в країнах – учасницях Болонського процесу – має бути один докторський ступінь – «доктор філософії» у відповідних сферах знань (природничі науки, соціогуманітарні, економічні та ін.). Була запропонована формула триступеневої освіти (3-5-8), згідно з якою не менше трьох років відводиться для отримання рівня “бакалавр”, не менше 5 років – для отримання рівня “магістр” і не менше 8 років для отримання вченого ступеня “доктор філософії”. Важливо, що освітньо-кваліфікаційні рівні і вчений ступінь розглядаються як складові цілісної системи освіти людини. Акцентовано увагу на потребі сприяти європейському простору вищої освіти. Було приділено особливу увагу важливості контролю і дотримання європейських стандартів якості освіти на усьому просторі.
Ці стандарти в Європі розробляє і підтримує відома міжнародна організація, що має назву “Європейська мережа з гарантування якості (European Network Quality Assurance - ENQA)”. Розроблено додаткові модулі, курси та навчальні плани з європейським змістом, відповідною орієнтацією й організацією. Наголошено на важливій ролі, яку мають відігравати вищі навчальні заклади, щоб зробити реальністю навчання протягом усього життя. Зазначено, що європейський простір вищої освіти та європейський простір дослідницької діяльності – дві взаємопов'язані частини спільноти знань.