Колокольня Михайловского монастыря построена в 1716-1719 годах на месте разобранной деревянной колокольни, в стиле украинского барокко, во время игуменства Варлаама Ленецького. Колокольня имела 3 яруса и 23 колокола.
В годы советской власти, в связи со строительством нового правительственного центра в 1934-1936 годах колокольню, вместе с архиерейским домом, стенами и хозяйственными постройками, разобрали. А через год взорвали главный храм бывшего монастыря - Михайловский Златоверхий собор.
Новую жизнь колокольня получила при восстановлении собора и других монастырских зданий, которые длились 1997-1998 годах. Колокольню восстановили по фотографиям и обмерам, сделанными перед разрушением. Нововведениями стали обустройство на втором ярусе нового храма в честь Трех святителей (освящен в 1999 году в память разрушенной церкви Трех святителей, на месте которой стоит здание МИД Украины и всех жертв советских репрессий). Также на первом ярусе колокольни и в соседнем Варваринском корпусе расположился музей истории монастыря и его архитектурного ансамбля. Также колокольня получила новые часы и карильен (которым можно выполнять на колоколах практически любое музыкальное произведение), теперь колокола возвещают киевлян и гостей каждые пятнадцать минут, а в полдень - играют большую мелодию. Обновлены росписи на стенах ограды, которые снаружи примыкают к колокольне (правда в современном стиле).
На исторической Михайловской колокольне, уничтоженной в 1930-е годы, никогда не было циферблатов со стрелками. Здесь было установлено куранты, как в Лавре. Почему-то они часто ломались. И уже в «Описании Киева» М.Закревского (1868) отмечено, что эти часы «испортились и ушли в забвение». При воспроизведении колокольни, в марте 1998 года, было решено не только возродить часы, но и оборудовать их циферблатом.