Николай Юльевич Вагнер родился 11 (24) января 1893 г. в С.-Петербурге, в семье известного зоолога Ю.М.Вагнера. 1898 года, после переезда в Киев Ю.М.Вагнер начал работать в Киевском политехническом. А Николай Вагнер осенью 1912 г. стал студентом сельскохозяйственного отделения КПИ.