Третий этап Болонского процесса состоялся в Берлине 18-19 сентября 2003 года, где было подписано соответствующее коммюнике. Принципиально новое решение Берлинского саммита - распространение общеевропейских требований и стандартов уже и на докторские степени. Установлено, что в странах - участницах Болонского процесса - должна быть одна докторская степень - «доктор философии» в соответствующих сферах знаний (естественные науки, социогуманитарные, экономические и др.). Была предложена формула трехступенчатого образования (3-5-8), согласно которой не менее трех лет отводится для получения уровня "бакалавр", не менее 5 лет - для получения уровня "магистр" и не менее 8 лет для получения ученой степени "доктор философии". Важно, что образовательно-квалификационные уровни и ученая степень рассматриваются как составляющие целостной системы образования человека. Акцентировано внимание на необходимости содействовать европейскому пространству высшего образования. Было уделено особое внимание важности контроля и соблюдения европейских стандартов качества образования на всем пространстве.
Эти стандарты в Европе разрабатывает и поддерживает известная международная организация под названием "Европейская сеть по обеспечению качества (European Network Quality Assurance - ENQA)". Разработаны дополнительные модули, курсы и учебные планы с европейским содержанием, соответствующей ориентацией и организацией. Отмечено важную роль, которую должны играть высшие учебные заведения, чтобы сделать реальностью обучение на протяжении всей жизни. Отмечено, что европейское пространство высшего образования и европейское пространство исследовательской деятельности - две взаимосвязанные части единства знаний.